โรงเรียนเทศบาลวัดตองปุโบราณคณิสสรตั้งอยู่เลขที่ 19/99 หมู่ 5 ตำบลบ้านเกาะ อำเภอพระนครศรีอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา เดิมเป็นโรงเรียนเชลยศักดิ์ ต่อมาจัดตั้งเป็นโรงเรียนประชาบาล อาศัยศาลาการเปรียญวัดตองปุ ต่อมา วันที่ 7 มกราคม 2485 ได้ย้ายมาเรียนอาคารที่สร้างขึ้นเป็นเอกเทศ ชื่อว่า โรงเรียนประชาบาลตำบลบ้านเกาะ (โบราณคณิสสร)
เมื่อวันที่ 1 เมษายน 2506 คณะรัฐมนตรีได้มีมติโอนโรงเรียนที่อยู่ในเขตเทศบาลให้กับเทศบาลดำเนินการจัดการศึกษา
ต่อมาเมื่อวันที่ 26 พฤษภาคม 2508 คณะรัฐมนตรีได้เห็นสมควรให้ใช้ชื่อโรงเรียนเทศบาล ซึ่งได้เปลี่ยนเป็นโรงเรียนเทศบาล 3 (โบราณคณิสสร) ใช้อักษรย่อว่า ท.3
พ.ศ.2511 เทศบาลเมืองนครศรีอยุธยา กำหนดให้เปลี่ยนชื่อจากโรงเรียนเทศบาล 3 (โบราณคณิสสร) เป็น “โรงเรียนเทศบาลวัดตองปุโบราณคณิสสร” ใช้อักษรย่อว่า ท.ต.บ.
สภาพปัจจุบันมีอาคารเรียนถาวร 2 หลัง หอประชุม 1 หลัง โรงอาหาร 1 หลัง อาคารอเนกประสงค์ 1 หลัง ห้องสุขา 2 หลัง มีนักเรียนชาย 42 คน นักเรียนหญิง 62 คน รวมนักเรียนทั้งสิ้น 104 คน จำนวนครูทั้งสิ้น 14 คน จำแนกเป็น ครูประจำการ 9 คน ครูอัตราจ้าง 5 คน
ที่ตั้ง
ที่ตั้ง ตั้งอยู่ที่ 19/99 หมู่ที่ 5 ตำบลบ้านเกาะ อำเภอพระนครศรีอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
ทิศเหนือ จดชุมชนวัดตองปุ
ทิศใต้ จดแม่น้ำป่าสัก
ทิศตะวันออก จดโรงสีไฟถนอมจันทร์
ทิศตะวันตก จดวัดตองปุ