โรงเรียนเทศบาลวัดตองปุโบราณคณิสสรตั้งอยู่เลขที่ 19/99 หมู่ 5   ตำบลบ้านเกาะ  อำเภอพระนครศรีอยุธยา  จังหวัดพระนครศรีอยุธยา  เดิมเป็นโรงเรียนเชลยศักดิ์  ต่อมาจัดตั้งเป็นโรงเรียนประชาบาล อาศัยศาลาการเปรียญวัดตองปุ  ต่อมา วันที่ 7  มกราคม  2485  ได้ย้ายมาเรียนอาคารที่สร้างขึ้นเป็นเอกเทศ  ชื่อว่า  โรงเรียนประชาบาลตำบลบ้านเกาะ  (โบราณคณิสสร)

          เมื่อวันที่ 1  เมษายน 2506  คณะรัฐมนตรีได้มีมติโอนโรงเรียนที่อยู่ในเขตเทศบาลให้กับเทศบาลดำเนินการจัดการศึกษา

          ต่อมาเมื่อวันที่ 26  พฤษภาคม  2508  คณะรัฐมนตรีได้เห็นสมควรให้ใช้ชื่อโรงเรียนเทศบาล ซึ่งได้เปลี่ยนเป็นโรงเรียนเทศบาล 3 (โบราณคณิสสร) ใช้อักษรย่อว่า  ท.3

          พ.ศ.2511 เทศบาลเมืองนครศรีอยุธยา  กำหนดให้เปลี่ยนชื่อจากโรงเรียนเทศบาล 3 (โบราณคณิสสร) เป็น “โรงเรียนเทศบาลวัดตองปุโบราณคณิสสร” ใช้อักษรย่อว่า ท.ต.บ.

          สภาพปัจจุบันมีอาคารเรียนถาวร 2 หลัง  หอประชุม  1  หลัง  โรงอาหาร  1 หลัง  อาคารอเนกประสงค์ 1 หลัง ห้องสุขา 2 หลัง มีนักเรียนชาย  42 คน  นักเรียนหญิง  62  คน  รวมนักเรียนทั้งสิ้น  104  คน  จำนวนครูทั้งสิ้น  14  คน  จำแนกเป็น ครูประจำการ  9  คน  ครูอัตราจ้าง  5  คน

ที่ตั้ง

          ที่ตั้ง ตั้งอยู่ที่ 19/99 หมู่ที่ 5 ตำบลบ้านเกาะ อำเภอพระนครศรีอยุธยา  จังหวัดพระนครศรีอยุธยา

          ทิศเหนือ          จดชุมชนวัดตองปุ

          ทิศใต้             จดแม่น้ำป่าสัก

          ทิศตะวันออก     จดโรงสีไฟถนอมจันทร์

          ทิศตะวันตก      จดวัดตองปุ